上海分院是中國科學院的派出机构,负责联系和管理中國科學院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中科院华东办事处,接管并改造了原中央研究院和北平研究院在上海、南京的研究机构,1958年11月成立上海分院,1961年改为华东分院,1970年中科院撤消分院体制,1977年11月恢复成立中科院上海分院。

  上海分院系統現有19家機構(含上海分院):上海微系統與信息技術研究所、上海矽酸鹽研究所、上海光學精密機械研究所、上海應用物理研究所、上海技術物理研究所、上海有機化學研究所、上海營養與健康研究所、分子細胞科學卓越創新中心、腦科學與智能技術卓越創新中心、分子植物科學卓越創新中心、上海天文台、上海藥物研究所、上海巴斯德研究所、福建物質結構研究所、甯波材料技術與工程研究所、城市環境研究所、上海高等研究院、微小衛星創新研究院。

  上海分院系统有13个国家重点实验室、39个中科院重点实验室,以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技术转移中心、中科院上海交叉學科研究中心。

  
       上海分院各研究所学科领域广泛,在优势研究领域有着长期的积累:在物质科学与技术领域,包括同步辐射、核科学与核技术、高能量密度物理、有机化学与有机材料、无机非金属材料和金属材料、天体物理、天文地球动力学和技术方法等;在信息科学与技术领域,包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等;在生命科学与技术领域,包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术、病毒学与免疫学、健康营养研究等。同时加强学科交叉和融合,加强系统集成和提供解决方案的能力,在信息、新能源、新材料、空间、海洋、人口健康以及大科学工程等领域着力部署,不断提高创新能力和科研水平。

  

        上海分院凝聚和培养了一大批优秀的科技创新人才,现有一支13718人的科研、管理和支撑队伍,其中专业技术人员9761人,所占比例71.15%,其中高级研究人员4087人。目前拥有的高端人才队伍中,有中國科學院院士54人,中国工程院院士15人。